Bioinf-l

bioinf-l@kam.mff.cuni.cz

67 discussions

Compeau-Pevzner Bioinformatic algorithms
by Ales Kubena 24 Nov '16

24 Nov '16

přátelé bionerdi, zájemci (nezájemcům se omlouvám za nevyžádaný mail) dostal jsem od vědeckého Ježíška co chodí v listopadu Bioinformatic Algorithms I+II, Phillip Compeau & Pavel Pevzner. Tak kdyby někdo chtél kouknout či si něco z toho okopírovat, může se mi ozvat. Můžete to zkusit také oficiální cestou přes Knihovnu vědeckých informací lf1 a vfn, ale stejně vás pošlou za mnou a já to mám půjčené do roku 2022 ;) Pěkný den přeji @leš Kuběna

1 0

pozvánka na p?edná?ku
by Petr Danecek 14 Nov '16

14 Nov '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 16.11.2016 od 17:20 v posluchárně S5. Hostem na semináři bude Dr. Michal Kolář z Ústavu molekulární genetiky AV ČR a téma přednášky bude "Evoluce zachycená v (proteinové) síti" Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- Evolution captured by a (protein) network Michal Kolar, PhD Sequence alignment is a prolific basis of functional annotation, but remains a challenging problem in the 'twilight zone' of high sequence divergence or short gene length. I will demonstrate how information on protein interactions can help to resolve ambiguous sequence alignments. This hybrid method - graph alignment - provides functional associations between proteins of the two organisms that cannot be obtained from sequence or interaction data alone. As a case study I will discuss comparison of two distant Herpes viruses.

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 31 Oct '16

31 Oct '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 1.11.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Hostem na semináři bude Holly Zheng-Bradley z EBI, European Bioinformatics Institute, UK a téma přednášky bude "The 1000 Genomes Project, what is it and can it help my research?" Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- The 1000 Genomes Project, what is it and can it help my research? Holly Zheng-Bradley Launched in 2008, the 1000 Genomes Project is the first project to sequence large number of individuals using the Next Gen sequencing platforms. The main goal of the 1000 Genomes Project was to establish a comprehensive catalogue of human genome variations; which in turn will empower association studies to identify disease-causing genes and serve as a foundation to investigate relationships between genotype and phenotype. The project went through different phases - the pilot phase to work out the methodology and the main production phases to produce sequencing data and discover genetic variants in accumulatively 2504 individuals from 26 different populations across Europe, Africa, East and South Asia and the Americas. The final data release made by the project in 2015 includes more than 80 million variant sites ranging from single nucleotide polymorphisms to structural variant events including inversions and duplications; global allele frequencies and genotypes were estimated for all sites based on the 2504 individuals [1]. This resource has enabled many other projects to better interpret their results. Primary uses for the 1000 Genomes data sets include serving as imputation panels to derive whole genome variant sets from exome or array-based genotypes; as filters of shared variation in rare disease or cancer sequencing projects; and for exploring demography and selection in human populations and evolution. Although the 1000 Genomes Project has reached its goal and finished successfully, the usage of the resource remains high. The International Sample Genome Resource (IGSR) was launched in January 2015 to maintain, update and expand this valuable reference data set. One of the initial updates is mapping all sequence data to the new reference genome GRCh38. The IGSR will maintain the FTP site [2], the project website [3] and a stable data browser [4] to ensure the community can access both the data and the documentation about the 1000 Genomes Project and beyond. In my talk I will introduce the history, methods and strategies used by the 1000 Genomes Project, and discuss lessons and knowledge learned from the data we generated. I will also talk about applications of this resource and how the science community can best access the data. [1] 1000 Genomes Project Consortium, Auton A, Brooks LD et al. 2015 A global reference for human genetic variation. Nature 526:68-74. [2] ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/ [3] http://www.1000genomes.org and www.internationalgenome.org [4] http://browser.1000genomes.org

1 1

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 18 Oct '16

18 Oct '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná již zítra, ve STŘEDU 19.10.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Přednášku bude mít Jan Kalina z Ústavu informatiky AV ČR na téma Statistické klasifikační metody při celogenomové analýze genových expresí Těšíme se na vaši účast! S pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 30 Sep '16

30 Sep '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na první přednášku semináře v tomto semestru, která se koná příští týden ve STŘEDU 5.10.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Efektivní stabilizace proteinů a identifikace aktivních malých molekul pro biotechnologie: Jsou již výpočetní metody vyspělou alternativou k laboratorním experimentům? Jan Brezovský, Loschmidtovy laboratoře, Ústav experimentální biologie a Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno S pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 16 May '16

16 May '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na poslední přednášku semináře v tomto semestru, která se koná ve středu 18.5.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Přednáška Mateje Pribise z 2. Lékařské Fakulty UK bude na téma Copy Number Variation Těšíme se na vaši účast! S pozdravem, Petr Daněček a Martin Loebl Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/

1 0

pozvánka na p?edná?ku Genome variation graphs and genotyping by tera-scale learning
by Petr Danecek 09 May '16

09 May '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 11.5.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Přednášet bude Erik Garrison z Wellcome Trust Sanger Institute, UK na téma Genome variation graphs and genotyping by tera-scale learning Těšíme se na vaši účast! S pozdravem, Petr Daněček a Martin Loebl Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------- In resequencing, we use an existing genome sequence as a scaffold to guide our analysis of data from a new individual. Although the genomes of many individuals are known, in standard practice we typically align sequence data from a new individual against a single reference genome. Similarly, when determining genotypes for this individual we apply a Bayesian model derived from first principles encoding our expectation of the distribution of reads across the variable site in which a single parameter defines our prior. In both cases, we fail to incorporate detailed prior information into our model, which limits our performance and prevents us from applying improved models of genomes that research has obtained. We describe two techniques that allow the incorporation of extensive information from known genomes into the resequencing process. In the first, we replace the linear reference genome with a sequence graph that encodes known genomes of interest. We use the results of the 1000 Genomes Project to construct a graph which encodes approximately 5000 human genome equivalents. We then map sequence data from a well-characterized sample (NA12878) to this graph, call variation, and evaluate the end-to-end performance of the system using the NIST Genome in a Bottle truth set. In the second, we transform the alignments and candidate alleles produced by standard variant callers into a format suitable for consumption by a linear learner. We train the learner on various sequencing runs from NA12878, and as a proof of principle demonstrate its generalization to another sequencing run as part of the PrecisionFDA challenge.

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 03 May '16

03 May '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná zítra, tj. ve středu 4.5.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Karel Jalovec z ČVUT pohovoří na téma Discriminatory analysis of sequenced read-sets Těšíme se na vaši účast! S pozdravem, Petr Daněček a Martin Loebl Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------- Discriminatory analysis of sequenced read-sets Increasing amount of data obtained by the NGS technologies increases the urge of effective analysis of this data. This work presents a tool for binary classification of metagenomic samples. Metagenomic samples consist of a large amount of short DNA strings (also called reads), which belong to different organisms present in an environment from which the sample was taken. Behavior of an environment can be affected by the contamination by the organisms, which originaly do not belong in this environment. The goal of this work is to develop a classification method based on DNA superstrings that can accurately classify metagenomic samples. Classifiers obtained by this method can be used for determining whether newly obtained metagenomic samples are contaminated (positive) or clean (negative) without the need of identification of particular organisms present in the sample. We want to achieve this goal by establishing a modified sequence assembly task for finding the most discriminatory DNA superstrings. We assume that standard a approach for this kind of analysis would be to assemble all the samples and try to find the most discriminatory motifs. Both tasks are very computationally demanding. Our method should solve both these tasks simultaneously.

1 0

seminar z bioinformatiky - pozvanka
by Petr Danecek 25 Apr '16

25 Apr '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 27.4.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Radka Reifová z přírodovědecké fakulty UK promluví na téma Populační a speciační genomika: hledání genetické podstaty vzniku druhů na modelu dvou druhů slavíků Těšíme se na vaši účast! S pozdravem, Petr Daněček a Martin Loebl Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------- Populační a speciační genomika: hledání genetické podstaty vzniku druhů na modelu dvou druhů slavíků. Speciace čili vznik nových druhů je klíčový evoluční proces, jehož porozumění je důležitým cílem evoluční biologie. Metody sekvenování nové generace a nové populačně genomické přístupy otevřely nové možnosti studia genetické podstaty vzniku druhů a to zejména u nemodelových volně žijících druhů. V rámci přednášky si představíme jaké populačně genomické přístupy se v současné době používají ke studiu speciace. Ve větším detailu se pak zaměříme na studium genomických ostrovů zvýšené mezidruhové diferenciace a ukážeme si, co nám tato metoda prozradila o mechanismech speciace u dvou druhů slavíků, slavíka obecného a slavíka tmavého, jejichž studiem se v naší laboratoři dlouhodobě zabýváme. --------------

1 0

pozvanka na prednasku How genomes help us understand human history
by Petr Danecek 18 Apr '16

18 Apr '16

Vážený pane kolego, paní kolegyně, dovolujeme si Vás pozvat na přednášku bioinformatického semináře, která se koná tuto středu 20.4.2016 od 17:20 v posluchárně S5 na Malé straně. Přednášku na téma How genomes help us understand human history přednese Stephan Schiffels, Max Planck Institute Těšíme se na Vaši účast! Se srdečným pozdravem Petr Daněček a Martin Loebl --------------------------------- Abstract: The availability of complete human genome sequences from populations across the world has given rise to new population genetic inference methods that allow unprecedented insight into human population history. Here I will introduce two such methods that allowed us to infer historical human population sizes and the emergence of population substructure across the world. The first method, MSMC, explicitly models ancestral relationships under recombination and mutation of multiple genome sequences. Results from applying MSMC to genome sequences from nine populations across the world suggest that the genetic separation of non- African ancestors from African Yoruban ancestors started long before 50,000 years ago and give information about human population history as recent as 2,000 years ago, including the bottleneck in the peopling of the Americas and separations within Africa, East Asia and Europe. The second method, rarecoal, infers population history and identifies fine-scale genetic ancestry from rare genetic variants. I show an application of this method to ancient DNA retrieved from British skeletons dating to the Iron Age and the Anglo-Saxon period. Using rarecoal we find that the Anglo-Saxon samples are closely related to modern Dutch and Danish populations, while the Iron Age samples share ancestors with multiple Northern European populations including Britain.

1 0

2025

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

Bioinf-l