Bioinf-l

bioinf-l@kam.mff.cuni.cz

70 discussions

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 03 Jan '17

03 Jan '17

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na seminář, který se koná zítra 4.1.2017, od 17:20 v posluchárně S5. Na pořadu jsou dvě studentské prezentace na téma Drug-Target Interaction Prediction a Variant Calling. Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 12 Dec '16

12 Dec '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 14.12.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Hostem na semináři bude Jiří Macas z Ústavu Molekulární Biologie Rostlin AV ČR a téma přednášky bude Repetitivní DNA: "Temná hmota" genomu a její výzkum pomocí teorie grafů Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- Jiří Macas Repetitivní DNA: "Temná hmota" genomu a její výzkum pomocí teorie grafů Repetitivní DNA je souhrnný pojem pro různorodé sekvence, které se v genomu vyskytují v desitkách až miliónech kopií. Přestože u některých druhů rostlin a živočichů tvoří až 95% jaderné DNA, je o složení a evoluci repetitivní DNA u většiny skupin organizmů známo jen velmi málo. Tato situace se v současnosti mění díky zavedení levných a vysoce účinných metod sekvenování (next generation sequencing, NGS), jejichž plné uplatnění je ale limitováno nedostatkem odpovídajicích bioinformatických nástrojů. Využití teorie grafů v analýze NGS dat však otevřelo nové cesty jak pro identifikaci různých typů repetitivních elementů v komplexních genomech rostlin a živočichů, tak pro jejich podrobnou charakterizaci a srovnávací analýzu složení repetic mezi různými druhy.

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 28 Nov '16

28 Nov '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 30.11.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Hostem na semináři bude Milan Malinský z WTSI UK a téma přednášky bude "Bioinformatické metody a aplikace v evoluční genomice" Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- Bioinformatic methods and insights in evolutionary genomics Milan Malinsky, PhD Computational analysis of genomic data is used more and more often to provide increasingly important and often unique insights about the amazing history of life on Earth. In this presentation I am first going to talk about some of the technical aspects with particular focus on genome assembly and population structure inference, including some of my work on these subjects. In the second half of the presentation I am going to discuss work on unravelling the molecular basis of evolutionary processes leading to adaptation and organismal diversity in East African cichlid fishes, the most species rich and diverse family of vertebrates on Earth, with thousands of species in lakes and rivers across sub-saharan Africa.

1 0

Compeau-Pevzner Bioinformatic algorithms
by Ales Kubena 24 Nov '16

24 Nov '16

přátelé bionerdi, zájemci (nezájemcům se omlouvám za nevyžádaný mail) dostal jsem od vědeckého Ježíška co chodí v listopadu Bioinformatic Algorithms I+II, Phillip Compeau & Pavel Pevzner. Tak kdyby někdo chtél kouknout či si něco z toho okopírovat, může se mi ozvat. Můžete to zkusit také oficiální cestou přes Knihovnu vědeckých informací lf1 a vfn, ale stejně vás pošlou za mnou a já to mám půjčené do roku 2022 ;) Pěkný den přeji @leš Kuběna

1 0

pozvánka na p?edná?ku
by Petr Danecek 14 Nov '16

14 Nov '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 16.11.2016 od 17:20 v posluchárně S5. Hostem na semináři bude Dr. Michal Kolář z Ústavu molekulární genetiky AV ČR a téma přednášky bude "Evoluce zachycená v (proteinové) síti" Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- Evolution captured by a (protein) network Michal Kolar, PhD Sequence alignment is a prolific basis of functional annotation, but remains a challenging problem in the 'twilight zone' of high sequence divergence or short gene length. I will demonstrate how information on protein interactions can help to resolve ambiguous sequence alignments. This hybrid method - graph alignment - provides functional associations between proteins of the two organisms that cannot be obtained from sequence or interaction data alone. As a case study I will discuss comparison of two distant Herpes viruses.

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 31 Oct '16

31 Oct '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 1.11.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Hostem na semináři bude Holly Zheng-Bradley z EBI, European Bioinformatics Institute, UK a téma přednášky bude "The 1000 Genomes Project, what is it and can it help my research?" Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- The 1000 Genomes Project, what is it and can it help my research? Holly Zheng-Bradley Launched in 2008, the 1000 Genomes Project is the first project to sequence large number of individuals using the Next Gen sequencing platforms. The main goal of the 1000 Genomes Project was to establish a comprehensive catalogue of human genome variations; which in turn will empower association studies to identify disease-causing genes and serve as a foundation to investigate relationships between genotype and phenotype. The project went through different phases - the pilot phase to work out the methodology and the main production phases to produce sequencing data and discover genetic variants in accumulatively 2504 individuals from 26 different populations across Europe, Africa, East and South Asia and the Americas. The final data release made by the project in 2015 includes more than 80 million variant sites ranging from single nucleotide polymorphisms to structural variant events including inversions and duplications; global allele frequencies and genotypes were estimated for all sites based on the 2504 individuals [1]. This resource has enabled many other projects to better interpret their results. Primary uses for the 1000 Genomes data sets include serving as imputation panels to derive whole genome variant sets from exome or array-based genotypes; as filters of shared variation in rare disease or cancer sequencing projects; and for exploring demography and selection in human populations and evolution. Although the 1000 Genomes Project has reached its goal and finished successfully, the usage of the resource remains high. The International Sample Genome Resource (IGSR) was launched in January 2015 to maintain, update and expand this valuable reference data set. One of the initial updates is mapping all sequence data to the new reference genome GRCh38. The IGSR will maintain the FTP site [2], the project website [3] and a stable data browser [4] to ensure the community can access both the data and the documentation about the 1000 Genomes Project and beyond. In my talk I will introduce the history, methods and strategies used by the 1000 Genomes Project, and discuss lessons and knowledge learned from the data we generated. I will also talk about applications of this resource and how the science community can best access the data. [1] 1000 Genomes Project Consortium, Auton A, Brooks LD et al. 2015 A global reference for human genetic variation. Nature 526:68-74. [2] ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/ [3] http://www.1000genomes.org and www.internationalgenome.org [4] http://browser.1000genomes.org

1 1

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 18 Oct '16

18 Oct '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná již zítra, ve STŘEDU 19.10.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Přednášku bude mít Jan Kalina z Ústavu informatiky AV ČR na téma Statistické klasifikační metody při celogenomové analýze genových expresí Těšíme se na vaši účast! S pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 30 Sep '16

30 Sep '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na první přednášku semináře v tomto semestru, která se koná příští týden ve STŘEDU 5.10.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Efektivní stabilizace proteinů a identifikace aktivních malých molekul pro biotechnologie: Jsou již výpočetní metody vyspělou alternativou k laboratorním experimentům? Jan Brezovský, Loschmidtovy laboratoře, Ústav experimentální biologie a Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita, Brno S pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 16 May '16

16 May '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na poslední přednášku semináře v tomto semestru, která se koná ve středu 18.5.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Přednáška Mateje Pribise z 2. Lékařské Fakulty UK bude na téma Copy Number Variation Těšíme se na vaši účast! S pozdravem, Petr Daněček a Martin Loebl Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/

1 0

pozvánka na p?edná?ku Genome variation graphs and genotyping by tera-scale learning
by Petr Danecek 09 May '16

09 May '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 11.5.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Přednášet bude Erik Garrison z Wellcome Trust Sanger Institute, UK na téma Genome variation graphs and genotyping by tera-scale learning Těšíme se na vaši účast! S pozdravem, Petr Daněček a Martin Loebl Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------- In resequencing, we use an existing genome sequence as a scaffold to guide our analysis of data from a new individual. Although the genomes of many individuals are known, in standard practice we typically align sequence data from a new individual against a single reference genome. Similarly, when determining genotypes for this individual we apply a Bayesian model derived from first principles encoding our expectation of the distribution of reads across the variable site in which a single parameter defines our prior. In both cases, we fail to incorporate detailed prior information into our model, which limits our performance and prevents us from applying improved models of genomes that research has obtained. We describe two techniques that allow the incorporation of extensive information from known genomes into the resequencing process. In the first, we replace the linear reference genome with a sequence graph that encodes known genomes of interest. We use the results of the 1000 Genomes Project to construct a graph which encodes approximately 5000 human genome equivalents. We then map sequence data from a well-characterized sample (NA12878) to this graph, call variation, and evaluate the end-to-end performance of the system using the NIST Genome in a Bottle truth set. In the second, we transform the alignments and candidate alleles produced by standard variant callers into a format suitable for consumption by a linear learner. We train the learner on various sequencing runs from NA12878, and as a proof of principle demonstrate its generalization to another sequencing run as part of the PrecisionFDA challenge.

1 0

2025

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

Bioinf-l