Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na první přednášku semináře v tomto
semestru, která se koná již zítra, tj. ve středu 18.10.2017, od 17:20 v
posluchárně S4.
Hostem na semináři bude David Dufour Rausell z University of Barcelona
a téma přednášky bude
A brief overview of Structural Bioinformatics: from proteins to
chromosomes
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
David Dufour Rausell
A brief overview of Structural Bioinformatics: from proteins to
chromosomes
In recent years we have been witness of an explosion in the field of
genomics and metagenomics, where the order of magnitude of the genomes
studied increases steadily, as well as the methods for analysing them
become more sophisticated. But there is another side of bioinformatics
that keeps being developed in a more discreet way. How structurally
similar are the proteins in a cell? Can we predict the shape of a
protein that can’t be studied by X-ray crystallography or NMR? Is it
possible to integrate different data sources to determine the shape of
the chromatin? Structural bioinformatics aims to give an answer to
these questions. It is my goal to provide a non-comprehensive overview
of its methods and possibilities in the current seminar.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na poslední přednášku semináře v tomto
semestru, která se koná již zítra, tj. ve středu 17.5.2017, od 17:20 v
posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Karel Fišer z 2. lékařské fakulty Univerzity
Karlovy a téma přednášky bude
Nadgenomika v krvi
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Karel Fišer
Nadgenomika v krvi
Epigenomika je oblast genetiky popisující mechanismy regulace genové
exprese "nad" DNA. Několik nedávných projektů rozsahem srovnatelných se
sekvenací lidského genomu umožnilo popsat epigenetické modifikace
napříč typy krevních elementů. Do vztahu tak můžeme dát epigenetický
stav chromatinu genů charakteristických pro buněčné typy, jejich
regulátorů a míst vazeb těchto regulátorů.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 3.5.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Karel Sedlář z Ústavu biomedicínského
inženýrství na VUT v Brně a téma přednášky bude
Visualizations in metagenomics
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Karel Sedlář
Visualizations in metagenomics
One of main steps in a study of microbial communities is resolving
their composition, diversity and function. In the past, these issues
were mostly addressed by the use of amplicon sequencing of a target
gene because of reasonable price and easier computational
postprocessing of the bioinformatics data. With the advancement of
sequencing techniques, also whole metagenome shotgun sequencing became
popular, allowing much more detailed analysis of the metagenomics data,
including reconstruction of novel microbial genomes and to gain
knowledge about genetic potential and metabolic capacities of whole
environments. Clear and easy-to-understand visualization plays an
important role within both of these sequencing approaches.
Amplicon sequencing of a barcode sequence, e.g. bacterial 16S rRNA
gene, provides an easy way to perform qualitative, as well as
quantitative analysis of a microbial community. A wide range of
techniques can be used to visualize datasets represented by relative
abundances of OTUs (Operational Taxonomic Units) in different samples.
Dimensionality reduction techniques, e.g. PCoA (Principal Coordinate
Analysis) using UniFrac metrics, provides informative visualization
showing relations between samples without a need for identification of
OTUs against a reference database. Bipartite graphs and other network
visualizations, on the other hand, highlight the differences and
similarities among samples by showing unique and shared taxa. At last,
not at least, clustered heatmaps of correlation coefficient can show
relations among microbiome composition and other parameters, e.g.
presence of antibiotic resistance genes.
Visualization in whole metagenome shotgun sequencing approach often
accompanies clustering of sequences, so called binning. Since lot of
techniques perform clustering in unsupervised manner, the use of
interactive inspection and visualization can be suitable for validity
verification of the binning output or even for manual fine-tune of the
automatic clustering. The visualization methods use information
regarding sequence composition or coverage to produce coordinates in
two- or three-dimensional space to describe the given sequence. In some
cases, the sequences can be visualized simply by the use of the
parameters, e.g. OFDEG (Oligonucleotide Frequency Derived Error
Gradient), GC content and others, as coordinates without any further
transformation. In the majority of cases, however, the sequences are
described by more than three parameters, disabling them from being
projected into a humanly comprehensible space. Denouement is then
brought by use of dimensionality reduction techniques, such as PCA
(Principal Component Analysis), SOM (Self-Organizing Maps), or t-SNE
(t-distributed Stochastic Neighbor Embedding).
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná již zítra, tj. ve středu 19.4.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Tereza Tolarová z Ústavu živočišné fyziologie a
genetiky AVČR a téma přednášky bude
Aktivace embryonálního genomu v preimplantačním vývoji savců
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Tereza Tolarová
Aktivace embryonálního genomu v preimplantačním vývoji savců
Preimplantační vývoj představuje období vývoje od oplození po
zahnízdění embrya do dělohy matky. Na začátku vývoje je celý proces
řízen mateřskými zásobami. Aktivace embryonálního genomu představuje
proces, který zahrnuje degradaci maternální mRNA v koordinaci
s počátkem transkripce a následné translace mRNA syntetizované na
základě embryonálního genomu a je tak asi nejdůležitější událostí v
časné embryogenezi.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná tento týden ve středu 5.4.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Daniel Morais z Mikrobiologického ústavu AV ČR
a téma přednášky bude
You can change the knowledge about the microbial universe.
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Speaker: Daniel Morais
Title: You can change the knowledge about the microbial universe.
Abstract: The relationship between humans and microbes attracts the
scientific interest since the creation of the first lens by Anton van
Leeuwenhoek. From the last 200 years, microbes have been strictly
associated to diseases, a way of thinking that drove huge effort
towards methods to avoid and eliminate them at all costs. This phobia
and huge seek for a germ free environment ended up hindering our own
health. Nowadays we are starting to realise their importance to our own
physiology training our immune system, producing vitamins and
processing the food we eat. Our thoughts about how to deal with
microbes are changing in an unprecedented way. The knowledge regarding
microbial communities and their behaviour is increasing daily thanks to
our new capacity of generating genomic data. Using high-throughput
sequencing platforms we are now uncovering a huge diversity of still
unknown metabolisms and microbial species. All this information is
being stored in public database and the methods for processing and
interpreting this information became our biggest bottleneck. Every
microbiologist nowadays feels the need to learn how to manage
biological data in a more effective way. In this speech you will learn
the most used strategies for microbial community data analyses and how
a bioinformatician could contribute to be part of this huge paradigm
change that microbiology is undergoing.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná již zítra, tj. ve středu 22.3.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Matěj Lexa z Masarykovy univerzity
a téma přednášky bude
pqsfinder: flexible detection of sequences forming G-quadruplexes in
R/Bioconductor
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Matěj Lexa
pqsfinder: flexible detection of sequences forming G-quadruplexes in
R/Bioconductor
DNA sequences rich in guanines are known to form special four-strand
structures - G-quadruplexes. While in the past such sequences where
identified with a regular expression of the form
G{3,8}N{1,8}G{3,8}N{1,8}G{3,8}N{1,8}G{3,8}, it is now clear that
sequences not satisfying this rule can form G-quadruplexes with certain
imperfections. Relying on external results of G4-seq, a new technique
to detect G-quadruplexes by sequencing and a collection of about 300
known G-quadruplexes we trained a scoring model implemented in
R/Bioconductor to detect potential G-quadruplex-forming sequences. The
results show the method is currently better than any competing
computational tool.I will also mention biological motivation for
studying G-quadruplexes.
Vazena vedecka rado, mili kolegove, mili studenti,
moc se omlouvam, ale zitrejsi Mendel lectures radsi presouvame do
poslucharny B2 v prizemi, kde bude snazsi zajistit kvalitu prenosu kvuli
technickym potizim ve velke zoologicke. Cas zustava stejny.
jeste jednou se omlouvam,
-- marian
Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
Tel.: +420 221 95 1076
E-mail: marian.novotny(a)natur.cuni.cz
Katedra buněčné biologie
Univerzita Karlova
Přírodovědecká fakulta
Albertov 6, 128 43 Praha 2
www.natur.cuni.cz
Department of Cell Biology
Charles University
Faculty of Science
Albertov 6, 128 43 Praha 2
www.natur.cuni.cz/en
Vazeni kolegove,
uz druhym rokem prenasime serii prednasek z Brna, tzv. Mendel lectures, na
ktere prijizdeji velke vedecke kapacity a tentokrat bude tema genomicke a
proto si dovoluji preposlat pozvanku i na tato fora.
Fungujeme podobne jako prenosy z Metropolitni opery - je to live stream do
velke zoologicke poslucharny - konkretne tedy zitra v 17.00 ve Velke
zoologicke poslucharne na Vinicne 7 - tento tyden bude promitani v ponekud
provizornich podminkach (z nahradniho projektoru), ale verim, ze probehne
dobre, ja se vsak bohuzel nebudu moci zucastnit. Neni bohuzel mozne klast
otazky, ale i tak si myslim, ze to muze byt zajimave.
Takze kdo bude zitra prednaset?
Bude to Peter Donnely (http://mendellectures.muni.cz/#_lect_back5) z
University of Oxford. Peter Donelly je australsky statistik, ktery bude
hovorit na tema: Meiosis, Recombination and the Origin of a Species.
Peter Donelly je odbornikem na interpretaci genomickych dat a vyznamne se
podilel na rade velkych genomickych projektu. Velmi casto spolupracuje s
biology.
s pranim hezkeho dne,
-- marian
P.S. pristi tyden nas ceka dalsi prednaska s genomickym tematem, i kdyz
mnohem vice biologicky orientovanym:http://mendellectures.muni.cz/#_lect_
back6
--
Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
Tel.: +420 221 95 1076
E-mail: marian.novotny(a)natur.cuni.cz
Katedra buněčné biologie
Univerzita Karlova
Přírodovědecká fakulta
Albertov 6, 128 43 Praha 2
www.natur.cuni.cz
Department of Cell Biology
Charles University
Faculty of Science
Albertov 6, 128 43 Praha 2
www.natur.cuni.cz/en
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná již zítra, tj. ve středu 8.3.2017, od 17:20 v posluchárně S5.
Hostem na semináři bude Lukáš Hrbek z FIT ČVUT
a téma přednášky bude
Variant calling with deep neural networks
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Lukáš Hrbek
Variant calling with deep neural networks
Variant calling is the task of determining differences in individuals
genomes. Due to limitations of DNA sequencing technologies, variant
calling is most reliable for small sequence differences (single
nucleotide variations and to a lesser extent insertions and deletions
smaller than 50bp). Moreover, at least 10% of the genome still remains
inaccessible, mainly because of high number of repetitive elements
interspersed throughout the genome.
I will present two recent papers which employ a novel approach to the
variant calling problem.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 11.1.2017, od 17:20 v posluchárně S5.
Hostem na semináři bude Jiří Vohradský z Mikrobiologického Ústavu AV ČR
a téma přednášky bude
Modeling and simulation of lambda-phage genetic network
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
J. Vohradský
Modeling and simulation of lambda-phage genetic network
Bacteriophage lambda is bacterial virus consisting of protein particle
and double-stranded DNA. Soon after infection, the lytic or lysogenic
growth is chosen. In the lytic pathway, viral DNA is replicated many
times causing lysis of the host cell and the release of other viruses
that infect new bacteria. In some cases, the lytic cycle is aborted,
and the phage switches to the lysogenic pathway, in which the phage
genome is integrated into the bacterial host DNA and is replicated and
transmitted as any other chromosomal DNA. All molecules associated with
the lambda phage genetic circuit are known together with their
interactions, forming thus ideal model for modeling and simulation of
its kinetic behavior. In the talk I will present a computational model
of the lambda genetic network and show in the simulation consequences
of the changes in concentration of critical genes for choice between
lytic and lysogenic pathways. The model serves as an example of how the
computational simulation can lead to conclusions about functioning of
biological systems.