Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 9.5.2018 od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Dr Marc Haber z Wellcome Trust Sanger Institute
a téma přednášky bude
History of the Near East from Ancient and Present-day Genome
Sequences
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Marc Haber
Wellcome Trust Sanger Institute
Recent technological advances in DNA extraction and sequencing are now
allowing the retrieval of genetic information from individuals who
lived thousands of years ago. This innovation radically changed the way
we use genetics to study history and provided extraordinary insights
into the human past. This talk will review recent ancient DNA work on
4,000-year-old individuals from the Near East who belonged to the
Canaanite civilization.
The Near East is often described as the cradle of civilization where
several Bronze Age cultures developed into complex urban societies
introducing many aspects of the human civilization as it is known
today. The Canaanites (who were later known as the Phoenicians) emerged
in the Near East during the Bronze Age; they created the first
alphabet, established colonies throughout the Mediterranean, and were
mentioned numerous times in the Bible. But few textual records from the
Canaanites themselves have survived and the available contradicting
reports kept them to this day enigmatic. Our work provides clear
genetic insight into the origin and fate of the Canaanites.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 11.4.2018 od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Dr Viorica Chelban z University College London
a téma přednášky bude
Disease discovery in neurogenetics: from patient to pathways and
therapies
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Dr. Viorica Chelban is a neurologist and a Member of the Royal College
of Physicians UK doing her research at the National Hospital for
Neurology and Neurosurgery and the Institute of Neurology, University
College London. Having recently described several new genetic disorders
Dr Chelban was awarded a Clinical Research Fellowship by the
Association of British Neurologists for her work in neurogenetics and
rare diseases.
--------------------------------------
Viorica Chelban
Institute of Neurology, University College London
In this talk I will speak about neurogenetics and its methods.
Neurogenetics combines bioinformatics with functional and
clinical work as a means of discovery of new mechanisms in
human neurological conditions.
Genetic methods are increasingly used in diagnosis and
treatment. The aim of the talk is to raise interest and
awareness of the complex relationships in human genetics,
pitfalls and challenges of handling the millions of data points
involved in genetic studies of diseases and the complexity of
validation of such results in patients.
--------------------------------------
Vazene kolegyne a vazeni kolegove,
rádi bychom vás pozvali na letošní MFiLF, jednodenní seminář
Matematicko-fyzikální fakulty Univerzity Karlovy s podtitulem "Co mohou
matematici, fyzici a informatici nabídnout lékařům a farmaceutům, a co by
se od nich očekávalo.".
Seminář se bude konat 13. 4. 2018 v refektáři v budově MFF na Malé Straně.
Všechny informace o semináři nalznete na stránkách semináře
http://siret.ms.mff.cuni.cz/MFiLF/2018
--
*David Hoksza*
Luxembourg Centre for Systems Biomedicine, Bioinformatics core
UNIVERSITÉ DU LUXEMBOURG
Campus Belval | House of Biomedicine II
6, avenue du Swing
L- 4367 Belvaux
Phone: (+352) 46 66 44 6451
SIRET research group
Department of Software Engineering, Faculty of Mathematics And Physics
Charles University,
Malostranské nám. 25
118 00 Prague
Phone: (+420) 951 554 406
http://siret.ms.mff.cuni.cz/hoksza/
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 28.3.2018 od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Marian Novotný z Přírodovědecké fakulty UK a
téma přednášky bude
Protein phosphorylation - bioinformatics "twist"
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Marian Novotný
Protein phosphorylation - bioinformatics "twist"
Protein phosphorylation is one the most important post-translational
modifications.Fortunately, the amount of experimental data on
phosphorylation is steadily growing, bioinformatics can, therefore,
provide new insights into regulation and function of phosphorylation.
In this talk, I will present three topics. The first is a secondary
structure state of phosphorylated amino acids, the second is a
function of phosphorylation in so-called adaptor domains (SH2, SH3
etc.) The last topic will be detailed structural biology and
computational biology studies of phosphorylation effects on SH3 domain-
ligand interaction. The computational studies of phospho-mimicking and
non-phosphorylable mutants of SH3 domain will complement the last
topic.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 7.3.2018 od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Jan Pačes z Ústavu molekulární genetiky AV ČR a
téma přednášky bude
Artificial Life
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Jan Pačes
Artificial Life
Vědy o životě nám dávají obrovské množství dat a poznatků; máme již
dost materiálu ke komplexnímu porozumění životu? Dobrý test toho, jak
důkladně něčemu rozumíme je vytvoření téhož v laboratoři. Dokážeme to
se životem? Nebo už jsme to snad dokázali? Přednáška o tom, jaké
experimenty byly udělány a jaké se chystají, jaké jsou další směry
výzkumu umělého (syntetického) života, ať již “soft” (v počítači),
“hard” (elektro-mechanicky) ale hlavně “wet” (biochemicky v
laboratoři).
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na poslední přednášku semináře v tomto
semestru, která se koná již zítra, tj. ve středu 3.1.2018, od 17:20 v
posluchárně S4.
Přednášet bude David Nohejl z MFF UK a téma přednášky bude
Variant Effect Prediction
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná již zítra, tj. ve středu 20.12.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Tomáš Gavenčiak z MFF UK a téma přednášky bude
Genotype refinement with PBWT
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Tomáš Gavenčiak
Genotype refinement with PBWT
Genotype refinement is one of the latest phases of the genome
sequencing process. It is used to infer the most likely genotype from
the observed genotype likelihoods and is usually followed by variant
phasing. Most of the state-of-the-art approaches for these steps
use population data as a reference, modeling recombinations
and population inheritance using the Li-Stephens model. The
problems are usually stated as Hidden Markov Models.
However, direct computation of these HMMs is very costly and
faster methods are needed.
After a brief introduction to the field and the Li-Stephens model,
I will introduce some algorithms based on PBWT used to
accelerate the computation. I will described the Hap-hedge
structure which was developed by the Eagle2 phasing software
and show a modified approach which can be extended to the
problem of genotype refinement, which is the main subject of
my current work.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná tuto středu 6.12.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Audrey Lin z University of Oxford, UK,
a téma přednášky bude
Rates of evolutionary change in ancient domesticated animals
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Speaker: Audrey Lin
Title: Rates of evolutionary change in ancient domesticated animals
Abstract: The molecular clock hypothesis is described as the
accumulation of nucleotide substitutions at a constant rate over time.
This rate can then be used to estimate divergence times between
sequences. However, in reality, molecular clocks do not “tick”
consistently over time and instead, there is a measurable continuous
transition from an increased, short-term mutation rate to a slow, long-
term substitution rate.
The hypothesis of time-dependency in molecular evolution states that
the rate of observable evolution varies depending on the timeframe over
which the rate is measured. To test this hypothesis, I use high-quality
mitochondrial genomes of direct-dated domesticated and wild animals.
This study may yield interesting observations on the evolutionary
dynamics regarding the genetic processes of domestication
within and between the different animal populations of study, as well
as improve fossil calibration of current molecular clock models.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná tuto středu 22.11.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Andrew Page ze Sanger Institute, UK,
a téma přednášky bude
High throughput pathogen informatics
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
High throughput pathogen informatics
The rapidly decreasing cost of sequencing has lead to an explosion in
sequencing data. Over 300,000 samples have been sequenced and analysed
by our Pathogen Informatics group, approximately 1/3 of all the
sequenced pathogens in the world. The sheer volume of samples presents
enormous computational and algorithmic challenges. Bioinformatics
methods often do not scale in terms of time, memory or disk space. I
will present a selection of recent bioinformatics analysis methods
developed within Pathogen Informatics including:
1.) Gubbins can detect horizontal gene transfer in bacteria, producing
a phylogenetic tree which is more representative of the actual
underlying phylogeny,
2.) PlasmidTron can assemble the cause of phenotypes directly from raw
NGS data, essentially GWAS for mobile genetic elements,
3.) ARIBA for detecting antimicrobial resistance genes using a hybrid
assembly and mapping approach,
4.) SeroBA for serotyping Streptococcus pneumoniae, and
5.) Roary for building bacterial pan-genomes.
Andrew Page has a PhD in Computer Science in the area of scheduling in
heterogeneous distributed systems. He has been the lead software
developer in the Pathogen Informatics team at the Sanger Institute
since 2011, developed over 30 open source software applications for
bioinformatics, and has published 12 of them. He will shortly be
moving to the Quadram Institute to take up the position of Head of
Informatics.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná zítra, tj. ve středu 1.11.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Martin Modrák z Laboratoře bioinformatiky,
Mikrobiologický ústav AV ČR, a téma přednášky bude
Genexpi: Discovering Regulatory Interactions on the GPU
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Martin Modrák
Genexpi: Discovering Regulatory Interactions on the GPU
The talk will discuss a differential equation model of transcription
factor-gene interactions that allows us to infer regulatory
relationships from time series data of gene expression in cells. The
talk will focus on both theoretical foundations of the work as well as
the implementation of the model on the GPU and practical evaluation.