- Bioinf-l - kam.mff.cuni.cz

pozvanka na seminar - History of the Near East from Ancient and Present-day Genome Sequences
by Petr Danecek 03 May '18

03 May '18

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 9.5.2018 od 17:20 v posluchárně S4. Hostem na semináři bude Dr Marc Haber z Wellcome Trust Sanger Institute a téma přednášky bude History of the Near East from Ancient and Present-day Genome Sequences Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- Marc Haber Wellcome Trust Sanger Institute Recent technological advances in DNA extraction and sequencing are now allowing the retrieval of genetic information from individuals who lived thousands of years ago. This innovation radically changed the way we use genetics to study history and provided extraordinary insights into the human past. This talk will review recent ancient DNA work on 4,000-year-old individuals from the Near East who belonged to the Canaanite civilization. The Near East is often described as the cradle of civilization where several Bronze Age cultures developed into complex urban societies introducing many aspects of the human civilization as it is known today. The Canaanites (who were later known as the Phoenicians) emerged in the Near East during the Bronze Age; they created the first alphabet, established colonies throughout the Mediterranean, and were mentioned numerous times in the Bible. But few textual records from the Canaanites themselves have survived and the available contradicting reports kept them to this day enigmatic. Our work provides clear genetic insight into the origin and fate of the Canaanites.

1 0

pozvanka na seminar - Disease discovery in neurogenetics
by Petr Danecek 05 Apr '18

05 Apr '18

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 11.4.2018 od 17:20 v posluchárně S4. Hostem na semináři bude Dr Viorica Chelban z University College London a téma přednášky bude Disease discovery in neurogenetics: from patient to pathways and therapies Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- Dr. Viorica Chelban is a neurologist and a Member of the Royal College of Physicians UK doing her research at the National Hospital for Neurology and Neurosurgery and the Institute of Neurology, University College London. Having recently described several new genetic disorders Dr Chelban was awarded a Clinical Research Fellowship by the Association of British Neurologists for her work in neurogenetics and rare diseases. -------------------------------------- Viorica Chelban Institute of Neurology, University College London In this talk I will speak about neurogenetics and its methods. Neurogenetics combines bioinformatics with functional and clinical work as a means of discovery of new mechanisms in human neurological conditions. Genetic methods are increasingly used in diagnosis and treatment. The aim of the talk is to raise interest and awareness of the complex relationships in human genetics, pitfalls and challenges of handling the millions of data points involved in genetic studies of diseases and the complexity of validation of such results in patients. --------------------------------------

1 0

pozvanka na MFiLF
by David Hoksza 24 Mar '18

24 Mar '18

Vazene kolegyne a vazeni kolegove, rádi bychom vás pozvali na letošní MFiLF, jednodenní seminář Matematicko-fyzikální fakulty Univerzity Karlovy s podtitulem "Co mohou matematici, fyzici a informatici nabídnout lékařům a farmaceutům, a co by se od nich očekávalo.". Seminář se bude konat 13. 4. 2018 v refektáři v budově MFF na Malé Straně. Všechny informace o semináři nalznete na stránkách semináře http://siret.ms.mff.cuni.cz/MFiLF/2018 -- *David Hoksza* Luxembourg Centre for Systems Biomedicine, Bioinformatics core UNIVERSITÉ DU LUXEMBOURG Campus Belval | House of Biomedicine II 6, avenue du Swing L- 4367 Belvaux Phone: (+352) 46 66 44 6451 SIRET research group Department of Software Engineering, Faculty of Mathematics And Physics Charles University, Malostranské nám. 25 118 00 Prague Phone: (+420) 951 554 406 http://siret.ms.mff.cuni.cz/hoksza/

1 0

pozvanka na seminar - Protein phosphorylation - bioinformatics "twist"
by Petr Danecek 21 Mar '18

21 Mar '18

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 28.3.2018 od 17:20 v posluchárně S4. Hostem na semináři bude Marian Novotný z Přírodovědecké fakulty UK a téma přednášky bude Protein phosphorylation - bioinformatics "twist" Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- Marian Novotný Protein phosphorylation - bioinformatics "twist" Protein phosphorylation is one the most important post-translational modifications.Fortunately, the amount of experimental data on phosphorylation is steadily growing, bioinformatics can, therefore, provide new insights into regulation and function of phosphorylation. In this talk, I will present three topics. The first is a secondary structure state of phosphorylated amino acids, the second is a function of phosphorylation in so-called adaptor domains (SH2, SH3 etc.) The last topic will be detailed structural biology and computational biology studies of phosphorylation effects on SH3 domain- ligand interaction. The computational studies of phospho-mimicking and non-phosphorylable mutants of SH3 domain will complement the last topic.

1 0

pozvanka na seminar - Artificial Life
by Petr Danecek 06 Mar '18

06 Mar '18

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 7.3.2018 od 17:20 v posluchárně S4. Hostem na semináři bude Jan Pačes z Ústavu molekulární genetiky AV ČR a téma přednášky bude Artificial Life Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- Jan Pačes Artificial Life Vědy o životě nám dávají obrovské množství dat a poznatků; máme již dost materiálu ke komplexnímu porozumění životu? Dobrý test toho, jak důkladně něčemu rozumíme je vytvoření téhož v laboratoři. Dokážeme to se životem? Nebo už jsme to snad dokázali? Přednáška o tom, jaké experimenty byly udělány a jaké se chystají, jaké jsou další směry výzkumu umělého (syntetického) života, ať již “soft” (v počítači), “hard” (elektro-mechanicky) ale hlavně “wet” (biochemicky v laboratoři).

1 1

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 02 Jan '18

02 Jan '18

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na poslední přednášku semináře v tomto semestru, která se koná již zítra, tj. ve středu 3.1.2018, od 17:20 v posluchárně S4. Přednášet bude David Nohejl z MFF UK a téma přednášky bude Variant Effect Prediction Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 19 Dec '17

19 Dec '17

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná již zítra, tj. ve středu 20.12.2017, od 17:20 v posluchárně S4. Hostem na semináři bude Tomáš Gavenčiak z MFF UK a téma přednášky bude Genotype refinement with PBWT Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- Tomáš Gavenčiak Genotype refinement with PBWT Genotype refinement is one of the latest phases of the genome sequencing process. It is used to infer the most likely genotype from the observed genotype likelihoods and is usually followed by variant phasing. Most of the state-of-the-art approaches for these steps use population data as a reference, modeling recombinations and population inheritance using the Li-Stephens model. The problems are usually stated as Hidden Markov Models. However, direct computation of these HMMs is very costly and faster methods are needed. After a brief introduction to the field and the Li-Stephens model, I will introduce some algorithms based on PBWT used to accelerate the computation. I will described the Hap-hedge structure which was developed by the Eagle2 phasing software and show a modified approach which can be extended to the problem of genotype refinement, which is the main subject of my current work.

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 04 Dec '17

04 Dec '17

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná tuto středu 6.12.2017, od 17:20 v posluchárně S4. Hostem na semináři bude Audrey Lin z University of Oxford, UK, a téma přednášky bude Rates of evolutionary change in ancient domesticated animals Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- Speaker: Audrey Lin Title: Rates of evolutionary change in ancient domesticated animals Abstract: The molecular clock hypothesis is described as the accumulation of nucleotide substitutions at a constant rate over time. This rate can then be used to estimate divergence times between sequences. However, in reality, molecular clocks do not “tick” consistently over time and instead, there is a measurable continuous transition from an increased, short-term mutation rate to a slow, long- term substitution rate. The hypothesis of time-dependency in molecular evolution states that the rate of observable evolution varies depending on the timeframe over which the rate is measured. To test this hypothesis, I use high-quality mitochondrial genomes of direct-dated domesticated and wild animals. This study may yield interesting observations on the evolutionary dynamics regarding the genetic processes of domestication within and between the different animal populations of study, as well as improve fossil calibration of current molecular clock models.

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 20 Nov '17

20 Nov '17

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná tuto středu 22.11.2017, od 17:20 v posluchárně S4. Hostem na semináři bude Andrew Page ze Sanger Institute, UK, a téma přednášky bude High throughput pathogen informatics Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- High throughput pathogen informatics The rapidly decreasing cost of sequencing has lead to an explosion in sequencing data. Over 300,000 samples have been sequenced and analysed by our Pathogen Informatics group, approximately 1/3 of all the sequenced pathogens in the world. The sheer volume of samples presents enormous computational and algorithmic challenges. Bioinformatics methods often do not scale in terms of time, memory or disk space. I will present a selection of recent bioinformatics analysis methods developed within Pathogen Informatics including: 1.) Gubbins can detect horizontal gene transfer in bacteria, producing a phylogenetic tree which is more representative of the actual underlying phylogeny, 2.) PlasmidTron can assemble the cause of phenotypes directly from raw NGS data, essentially GWAS for mobile genetic elements, 3.) ARIBA for detecting antimicrobial resistance genes using a hybrid assembly and mapping approach, 4.) SeroBA for serotyping Streptococcus pneumoniae, and 5.) Roary for building bacterial pan-genomes. Andrew Page has a PhD in Computer Science in the area of scheduling in heterogeneous distributed systems. He has been the lead software developer in the Pathogen Informatics team at the Sanger Institute since 2011, developed over 30 open source software applications for bioinformatics, and has published 12 of them. He will shortly be moving to the Quadram Institute to take up the position of Head of Informatics.

1 0

pozvanka na seminar
by Petr Danecek 31 Oct '17

31 Oct '17

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná zítra, tj. ve středu 1.11.2017, od 17:20 v posluchárně S4. Hostem na semináři bude Martin Modrák z Laboratoře bioinformatiky, Mikrobiologický ústav AV ČR, a téma přednášky bude Genexpi: Discovering Regulatory Interactions on the GPU Těšíme se srdečně na vaši účast! Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------------------------------- Martin Modrák Genexpi: Discovering Regulatory Interactions on the GPU The talk will discuss a differential equation model of transcription factor-gene interactions that allows us to infer regulatory relationships from time series data of gene expression in cells. The talk will focus on both theoretical foundations of the work as well as the implementation of the model on the GPU and practical evaluation.

1 0