Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 28.3.2018 od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Marian Novotný z Přírodovědecké fakulty UK a
téma přednášky bude
Protein phosphorylation - bioinformatics "twist"
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Marian Novotný
Protein phosphorylation - bioinformatics "twist"
Protein phosphorylation is one the most important post-translational
modifications.Fortunately, the amount of experimental data on
phosphorylation is steadily growing, bioinformatics can, therefore,
provide new insights into regulation and function of phosphorylation.
In this talk, I will present three topics. The first is a secondary
structure state of phosphorylated amino acids, the second is a
function of phosphorylation in so-called adaptor domains (SH2, SH3
etc.) The last topic will be detailed structural biology and
computational biology studies of phosphorylation effects on SH3 domain-
ligand interaction. The computational studies of phospho-mimicking and
non-phosphorylable mutants of SH3 domain will complement the last
topic.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 7.3.2018 od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Jan Pačes z Ústavu molekulární genetiky AV ČR a
téma přednášky bude
Artificial Life
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Jan Pačes
Artificial Life
Vědy o životě nám dávají obrovské množství dat a poznatků; máme již
dost materiálu ke komplexnímu porozumění životu? Dobrý test toho, jak
důkladně něčemu rozumíme je vytvoření téhož v laboratoři. Dokážeme to
se životem? Nebo už jsme to snad dokázali? Přednáška o tom, jaké
experimenty byly udělány a jaké se chystají, jaké jsou další směry
výzkumu umělého (syntetického) života, ať již “soft” (v počítači),
“hard” (elektro-mechanicky) ale hlavně “wet” (biochemicky v
laboratoři).
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na poslední přednášku semináře v tomto
semestru, která se koná již zítra, tj. ve středu 3.1.2018, od 17:20 v
posluchárně S4.
Přednášet bude David Nohejl z MFF UK a téma přednášky bude
Variant Effect Prediction
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná již zítra, tj. ve středu 20.12.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Tomáš Gavenčiak z MFF UK a téma přednášky bude
Genotype refinement with PBWT
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Tomáš Gavenčiak
Genotype refinement with PBWT
Genotype refinement is one of the latest phases of the genome
sequencing process. It is used to infer the most likely genotype from
the observed genotype likelihoods and is usually followed by variant
phasing. Most of the state-of-the-art approaches for these steps
use population data as a reference, modeling recombinations
and population inheritance using the Li-Stephens model. The
problems are usually stated as Hidden Markov Models.
However, direct computation of these HMMs is very costly and
faster methods are needed.
After a brief introduction to the field and the Li-Stephens model,
I will introduce some algorithms based on PBWT used to
accelerate the computation. I will described the Hap-hedge
structure which was developed by the Eagle2 phasing software
and show a modified approach which can be extended to the
problem of genotype refinement, which is the main subject of
my current work.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná tuto středu 6.12.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Audrey Lin z University of Oxford, UK,
a téma přednášky bude
Rates of evolutionary change in ancient domesticated animals
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Speaker: Audrey Lin
Title: Rates of evolutionary change in ancient domesticated animals
Abstract: The molecular clock hypothesis is described as the
accumulation of nucleotide substitutions at a constant rate over time.
This rate can then be used to estimate divergence times between
sequences. However, in reality, molecular clocks do not “tick”
consistently over time and instead, there is a measurable continuous
transition from an increased, short-term mutation rate to a slow, long-
term substitution rate.
The hypothesis of time-dependency in molecular evolution states that
the rate of observable evolution varies depending on the timeframe over
which the rate is measured. To test this hypothesis, I use high-quality
mitochondrial genomes of direct-dated domesticated and wild animals.
This study may yield interesting observations on the evolutionary
dynamics regarding the genetic processes of domestication
within and between the different animal populations of study, as well
as improve fossil calibration of current molecular clock models.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná tuto středu 22.11.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Andrew Page ze Sanger Institute, UK,
a téma přednášky bude
High throughput pathogen informatics
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
High throughput pathogen informatics
The rapidly decreasing cost of sequencing has lead to an explosion in
sequencing data. Over 300,000 samples have been sequenced and analysed
by our Pathogen Informatics group, approximately 1/3 of all the
sequenced pathogens in the world. The sheer volume of samples presents
enormous computational and algorithmic challenges. Bioinformatics
methods often do not scale in terms of time, memory or disk space. I
will present a selection of recent bioinformatics analysis methods
developed within Pathogen Informatics including:
1.) Gubbins can detect horizontal gene transfer in bacteria, producing
a phylogenetic tree which is more representative of the actual
underlying phylogeny,
2.) PlasmidTron can assemble the cause of phenotypes directly from raw
NGS data, essentially GWAS for mobile genetic elements,
3.) ARIBA for detecting antimicrobial resistance genes using a hybrid
assembly and mapping approach,
4.) SeroBA for serotyping Streptococcus pneumoniae, and
5.) Roary for building bacterial pan-genomes.
Andrew Page has a PhD in Computer Science in the area of scheduling in
heterogeneous distributed systems. He has been the lead software
developer in the Pathogen Informatics team at the Sanger Institute
since 2011, developed over 30 open source software applications for
bioinformatics, and has published 12 of them. He will shortly be
moving to the Quadram Institute to take up the position of Head of
Informatics.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná zítra, tj. ve středu 1.11.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Martin Modrák z Laboratoře bioinformatiky,
Mikrobiologický ústav AV ČR, a téma přednášky bude
Genexpi: Discovering Regulatory Interactions on the GPU
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Martin Modrák
Genexpi: Discovering Regulatory Interactions on the GPU
The talk will discuss a differential equation model of transcription
factor-gene interactions that allows us to infer regulatory
relationships from time series data of gene expression in cells. The
talk will focus on both theoretical foundations of the work as well as
the implementation of the model on the GPU and practical evaluation.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na první přednášku semináře v tomto
semestru, která se koná již zítra, tj. ve středu 18.10.2017, od 17:20 v
posluchárně S4.
Hostem na semináři bude David Dufour Rausell z University of Barcelona
a téma přednášky bude
A brief overview of Structural Bioinformatics: from proteins to
chromosomes
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
David Dufour Rausell
A brief overview of Structural Bioinformatics: from proteins to
chromosomes
In recent years we have been witness of an explosion in the field of
genomics and metagenomics, where the order of magnitude of the genomes
studied increases steadily, as well as the methods for analysing them
become more sophisticated. But there is another side of bioinformatics
that keeps being developed in a more discreet way. How structurally
similar are the proteins in a cell? Can we predict the shape of a
protein that can’t be studied by X-ray crystallography or NMR? Is it
possible to integrate different data sources to determine the shape of
the chromatin? Structural bioinformatics aims to give an answer to
these questions. It is my goal to provide a non-comprehensive overview
of its methods and possibilities in the current seminar.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na poslední přednášku semináře v tomto
semestru, která se koná již zítra, tj. ve středu 17.5.2017, od 17:20 v
posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Karel Fišer z 2. lékařské fakulty Univerzity
Karlovy a téma přednášky bude
Nadgenomika v krvi
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Karel Fišer
Nadgenomika v krvi
Epigenomika je oblast genetiky popisující mechanismy regulace genové
exprese "nad" DNA. Několik nedávných projektů rozsahem srovnatelných se
sekvenací lidského genomu umožnilo popsat epigenetické modifikace
napříč typy krevních elementů. Do vztahu tak můžeme dát epigenetický
stav chromatinu genů charakteristických pro buněčné typy, jejich
regulátorů a míst vazeb těchto regulátorů.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 3.5.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Karel Sedlář z Ústavu biomedicínského
inženýrství na VUT v Brně a téma přednášky bude
Visualizations in metagenomics
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Karel Sedlář
Visualizations in metagenomics
One of main steps in a study of microbial communities is resolving
their composition, diversity and function. In the past, these issues
were mostly addressed by the use of amplicon sequencing of a target
gene because of reasonable price and easier computational
postprocessing of the bioinformatics data. With the advancement of
sequencing techniques, also whole metagenome shotgun sequencing became
popular, allowing much more detailed analysis of the metagenomics data,
including reconstruction of novel microbial genomes and to gain
knowledge about genetic potential and metabolic capacities of whole
environments. Clear and easy-to-understand visualization plays an
important role within both of these sequencing approaches.
Amplicon sequencing of a barcode sequence, e.g. bacterial 16S rRNA
gene, provides an easy way to perform qualitative, as well as
quantitative analysis of a microbial community. A wide range of
techniques can be used to visualize datasets represented by relative
abundances of OTUs (Operational Taxonomic Units) in different samples.
Dimensionality reduction techniques, e.g. PCoA (Principal Coordinate
Analysis) using UniFrac metrics, provides informative visualization
showing relations between samples without a need for identification of
OTUs against a reference database. Bipartite graphs and other network
visualizations, on the other hand, highlight the differences and
similarities among samples by showing unique and shared taxa. At last,
not at least, clustered heatmaps of correlation coefficient can show
relations among microbiome composition and other parameters, e.g.
presence of antibiotic resistance genes.
Visualization in whole metagenome shotgun sequencing approach often
accompanies clustering of sequences, so called binning. Since lot of
techniques perform clustering in unsupervised manner, the use of
interactive inspection and visualization can be suitable for validity
verification of the binning output or even for manual fine-tune of the
automatic clustering. The visualization methods use information
regarding sequence composition or coverage to produce coordinates in
two- or three-dimensional space to describe the given sequence. In some
cases, the sequences can be visualized simply by the use of the
parameters, e.g. OFDEG (Oligonucleotide Frequency Derived Error
Gradient), GC content and others, as coordinates without any further
transformation. In the majority of cases, however, the sequences are
described by more than three parameters, disabling them from being
projected into a humanly comprehensible space. Denouement is then
brought by use of dimensionality reduction techniques, such as PCA
(Principal Component Analysis), SOM (Self-Organizing Maps), or t-SNE
(t-distributed Stochastic Neighbor Embedding).