Milí kolegové a kolegyně,
po delší odmlce bychom vás chtěli srdečně pozvat na další přednášky semináře z bioinformatiky.
První se bude konat již zítra
v*úterý 12.10.2021*, od*15:00* v posluchárně fotochemie ve*Viničné 7*.
Hostem na semináři bude Augustin Žídek, Senior Research Engineer z Google DeepMind, a téma přednášky bude
*Deepmind: Protein Structure Prediction with AlphaFold*
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
Please join us for our Bioinformatics Seminar _tomorrow_ at *17:20 on
Wednesday 24^th November 2021*
Title: **MTPpilot: an interactive software for NGS results analysis for
molecular tumor boards*
*
Speaker: *Abdullah Kahraman*
Abstract: Next-Generation Sequencing (NGS) cancer panels have become a
key cornerstone for today’s clinical decision making in oncology. In
this context, NGS sequencing results are often discussed at molecular
tumor boards, where amongst other oncologists, pathologists,
bioinformaticians, and geneticists discuss these results to decide on
the best treatment options for a patient. However, with the increasing
size and complexity of NGS cancer panels, NGS results have become
challenging to interpret, especially if presented merely in the form of
a written report. Manual analysis of several mutations from a
comprehensive NGS cancer panel is time-consuming and often incomplete.
To address these shortcomings, I will present our Molecular Tumor
Profiling Pilot (MTPpilot) software, which provides automated
annotation, linking and interactive visualization to support the
interpretation of NGS results at molecular tumor boards.
Join Zoom Meeting
https://cuni-cz.zoom.us/j/91830448498
Meeting ID: 918 3044 8498
Passcode: 074880
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na poslední přednášku semináře v tomto
semestru, která se koná tuto středu 23.5.2018, od 17:20 v posluchárně
S4.
Tentokrát budeme mít dvě kratší prezentace:
Esteban Jenkins - Long read mapping algorithms
Isidora Conic - Bioinformatics and Cancer
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 9.5.2018 od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Dr Marc Haber z Wellcome Trust Sanger Institute
a téma přednášky bude
History of the Near East from Ancient and Present-day Genome
Sequences
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Marc Haber
Wellcome Trust Sanger Institute
Recent technological advances in DNA extraction and sequencing are now
allowing the retrieval of genetic information from individuals who
lived thousands of years ago. This innovation radically changed the way
we use genetics to study history and provided extraordinary insights
into the human past. This talk will review recent ancient DNA work on
4,000-year-old individuals from the Near East who belonged to the
Canaanite civilization.
The Near East is often described as the cradle of civilization where
several Bronze Age cultures developed into complex urban societies
introducing many aspects of the human civilization as it is known
today. The Canaanites (who were later known as the Phoenicians) emerged
in the Near East during the Bronze Age; they created the first
alphabet, established colonies throughout the Mediterranean, and were
mentioned numerous times in the Bible. But few textual records from the
Canaanites themselves have survived and the available contradicting
reports kept them to this day enigmatic. Our work provides clear
genetic insight into the origin and fate of the Canaanites.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 11.4.2018 od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Dr Viorica Chelban z University College London
a téma přednášky bude
Disease discovery in neurogenetics: from patient to pathways and
therapies
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Dr. Viorica Chelban is a neurologist and a Member of the Royal College
of Physicians UK doing her research at the National Hospital for
Neurology and Neurosurgery and the Institute of Neurology, University
College London. Having recently described several new genetic disorders
Dr Chelban was awarded a Clinical Research Fellowship by the
Association of British Neurologists for her work in neurogenetics and
rare diseases.
--------------------------------------
Viorica Chelban
Institute of Neurology, University College London
In this talk I will speak about neurogenetics and its methods.
Neurogenetics combines bioinformatics with functional and
clinical work as a means of discovery of new mechanisms in
human neurological conditions.
Genetic methods are increasingly used in diagnosis and
treatment. The aim of the talk is to raise interest and
awareness of the complex relationships in human genetics,
pitfalls and challenges of handling the millions of data points
involved in genetic studies of diseases and the complexity of
validation of such results in patients.
--------------------------------------
Vazene kolegyne a vazeni kolegove,
rádi bychom vás pozvali na letošní MFiLF, jednodenní seminář
Matematicko-fyzikální fakulty Univerzity Karlovy s podtitulem "Co mohou
matematici, fyzici a informatici nabídnout lékařům a farmaceutům, a co by
se od nich očekávalo.".
Seminář se bude konat 13. 4. 2018 v refektáři v budově MFF na Malé Straně.
Všechny informace o semináři nalznete na stránkách semináře
http://siret.ms.mff.cuni.cz/MFiLF/2018
--
*David Hoksza*
Luxembourg Centre for Systems Biomedicine, Bioinformatics core
UNIVERSITÉ DU LUXEMBOURG
Campus Belval | House of Biomedicine II
6, avenue du Swing
L- 4367 Belvaux
Phone: (+352) 46 66 44 6451
SIRET research group
Department of Software Engineering, Faculty of Mathematics And Physics
Charles University,
Malostranské nám. 25
118 00 Prague
Phone: (+420) 951 554 406
http://siret.ms.mff.cuni.cz/hoksza/
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 28.3.2018 od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Marian Novotný z Přírodovědecké fakulty UK a
téma přednášky bude
Protein phosphorylation - bioinformatics "twist"
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Marian Novotný
Protein phosphorylation - bioinformatics "twist"
Protein phosphorylation is one the most important post-translational
modifications.Fortunately, the amount of experimental data on
phosphorylation is steadily growing, bioinformatics can, therefore,
provide new insights into regulation and function of phosphorylation.
In this talk, I will present three topics. The first is a secondary
structure state of phosphorylated amino acids, the second is a
function of phosphorylation in so-called adaptor domains (SH2, SH3
etc.) The last topic will be detailed structural biology and
computational biology studies of phosphorylation effects on SH3 domain-
ligand interaction. The computational studies of phospho-mimicking and
non-phosphorylable mutants of SH3 domain will complement the last
topic.
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 7.3.2018 od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Jan Pačes z Ústavu molekulární genetiky AV ČR a
téma přednášky bude
Artificial Life
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Jan Pačes
Artificial Life
Vědy o životě nám dávají obrovské množství dat a poznatků; máme již
dost materiálu ke komplexnímu porozumění životu? Dobrý test toho, jak
důkladně něčemu rozumíme je vytvoření téhož v laboratoři. Dokážeme to
se životem? Nebo už jsme to snad dokázali? Přednáška o tom, jaké
experimenty byly udělány a jaké se chystají, jaké jsou další směry
výzkumu umělého (syntetického) života, ať již “soft” (v počítači),
“hard” (elektro-mechanicky) ale hlavně “wet” (biochemicky v
laboratoři).
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na poslední přednášku semináře v tomto
semestru, která se koná již zítra, tj. ve středu 3.1.2018, od 17:20 v
posluchárně S4.
Přednášet bude David Nohejl z MFF UK a téma přednášky bude
Variant Effect Prediction
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná již zítra, tj. ve středu 20.12.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Tomáš Gavenčiak z MFF UK a téma přednášky bude
Genotype refinement with PBWT
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Tomáš Gavenčiak
Genotype refinement with PBWT
Genotype refinement is one of the latest phases of the genome
sequencing process. It is used to infer the most likely genotype from
the observed genotype likelihoods and is usually followed by variant
phasing. Most of the state-of-the-art approaches for these steps
use population data as a reference, modeling recombinations
and population inheritance using the Li-Stephens model. The
problems are usually stated as Hidden Markov Models.
However, direct computation of these HMMs is very costly and
faster methods are needed.
After a brief introduction to the field and the Li-Stephens model,
I will introduce some algorithms based on PBWT used to
accelerate the computation. I will described the Hap-hedge
structure which was developed by the Eagle2 phasing software
and show a modified approach which can be extended to the
problem of genotype refinement, which is the main subject of
my current work.