Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná již zítra, tj. ve středu 22.3.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Matěj Lexa z Masarykovy univerzity a téma přednášky bude
pqsfinder: flexible detection of sequences forming G-quadruplexes in R/Bioconductor
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem, Petr Daněček
Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Matěj Lexa pqsfinder: flexible detection of sequences forming G-quadruplexes in R/Bioconductor
DNA sequences rich in guanines are known to form special four-strand structures - G-quadruplexes. While in the past such sequences where identified with a regular expression of the form G{3,8}N{1,8}G{3,8}N{1,8}G{3,8}N{1,8}G{3,8}, it is now clear that sequences not satisfying this rule can form G-quadruplexes with certain imperfections. Relying on external results of G4-seq, a new technique to detect G-quadruplexes by sequencing and a collection of about 300 known G-quadruplexes we trained a scoring model implemented in R/Bioconductor to detect potential G-quadruplex-forming sequences. The results show the method is currently better than any competing computational tool.I will also mention biological motivation for studying G-quadruplexes.