Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná již zítra, tj. ve středu 22.3.2017, od 17:20 v posluchárně S4.
Hostem na semináři bude Matěj Lexa z Masarykovy univerzity
a téma přednášky bude
pqsfinder: flexible detection of sequences forming G-quadruplexes in
R/Bioconductor
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Matěj Lexa
pqsfinder: flexible detection of sequences forming G-quadruplexes in
R/Bioconductor
DNA sequences rich in guanines are known to form special four-strand
structures - G-quadruplexes. While in the past such sequences where
identified with a regular expression of the form
G{3,8}N{1,8}G{3,8}N{1,8}G{3,8}N{1,8}G{3,8}, it is now clear that
sequences not satisfying this rule can form G-quadruplexes with certain
imperfections. Relying on external results of G4-seq, a new technique
to detect G-quadruplexes by sequencing and a collection of about 300
known G-quadruplexes we trained a scoring model implemented in
R/Bioconductor to detect potential G-quadruplex-forming sequences. The
results show the method is currently better than any competing
computational tool.I will also mention biological motivation for
studying G-quadruplexes.
Vazena vedecka rado, mili kolegove, mili studenti,
moc se omlouvam, ale zitrejsi Mendel lectures radsi presouvame do
poslucharny B2 v prizemi, kde bude snazsi zajistit kvalitu prenosu kvuli
technickym potizim ve velke zoologicke. Cas zustava stejny.
jeste jednou se omlouvam,
-- marian
Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
Tel.: +420 221 95 1076
E-mail: marian.novotny(a)natur.cuni.cz
Katedra buněčné biologie
Univerzita Karlova
Přírodovědecká fakulta
Albertov 6, 128 43 Praha 2
www.natur.cuni.cz
Department of Cell Biology
Charles University
Faculty of Science
Albertov 6, 128 43 Praha 2
www.natur.cuni.cz/en
Vazeni kolegove,
uz druhym rokem prenasime serii prednasek z Brna, tzv. Mendel lectures, na
ktere prijizdeji velke vedecke kapacity a tentokrat bude tema genomicke a
proto si dovoluji preposlat pozvanku i na tato fora.
Fungujeme podobne jako prenosy z Metropolitni opery - je to live stream do
velke zoologicke poslucharny - konkretne tedy zitra v 17.00 ve Velke
zoologicke poslucharne na Vinicne 7 - tento tyden bude promitani v ponekud
provizornich podminkach (z nahradniho projektoru), ale verim, ze probehne
dobre, ja se vsak bohuzel nebudu moci zucastnit. Neni bohuzel mozne klast
otazky, ale i tak si myslim, ze to muze byt zajimave.
Takze kdo bude zitra prednaset?
Bude to Peter Donnely (http://mendellectures.muni.cz/#_lect_back5) z
University of Oxford. Peter Donelly je australsky statistik, ktery bude
hovorit na tema: Meiosis, Recombination and the Origin of a Species.
Peter Donelly je odbornikem na interpretaci genomickych dat a vyznamne se
podilel na rade velkych genomickych projektu. Velmi casto spolupracuje s
biology.
s pranim hezkeho dne,
-- marian
P.S. pristi tyden nas ceka dalsi prednaska s genomickym tematem, i kdyz
mnohem vice biologicky orientovanym:http://mendellectures.muni.cz/#_lect_
back6
--
Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
Tel.: +420 221 95 1076
E-mail: marian.novotny(a)natur.cuni.cz
Katedra buněčné biologie
Univerzita Karlova
Přírodovědecká fakulta
Albertov 6, 128 43 Praha 2
www.natur.cuni.cz
Department of Cell Biology
Charles University
Faculty of Science
Albertov 6, 128 43 Praha 2
www.natur.cuni.cz/en
Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná již zítra, tj. ve středu 8.3.2017, od 17:20 v posluchárně S5.
Hostem na semináři bude Lukáš Hrbek z FIT ČVUT
a téma přednášky bude
Variant calling with deep neural networks
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Lukáš Hrbek
Variant calling with deep neural networks
Variant calling is the task of determining differences in individuals
genomes. Due to limitations of DNA sequencing technologies, variant
calling is most reliable for small sequence differences (single
nucleotide variations and to a lesser extent insertions and deletions
smaller than 50bp). Moreover, at least 10% of the genome still remains
inaccessible, mainly because of high number of repetitive elements
interspersed throughout the genome.
I will present two recent papers which employ a novel approach to the
variant calling problem.