April 2016 - Bioinf-l - kam.mff.cuni.cz

seminar z bioinformatiky - pozvanka
by Petr Danecek 25 Apr '16

25 Apr '16

Milí kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve středu 27.4.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Radka Reifová z přírodovědecké fakulty UK promluví na téma Populační a speciační genomika: hledání genetické podstaty vzniku druhů na modelu dvou druhů slavíků Těšíme se na vaši účast! S pozdravem, Petr Daněček a Martin Loebl Stránky semináře http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/ -------------- Populační a speciační genomika: hledání genetické podstaty vzniku druhů na modelu dvou druhů slavíků. Speciace čili vznik nových druhů je klíčový evoluční proces, jehož porozumění je důležitým cílem evoluční biologie. Metody sekvenování nové generace a nové populačně genomické přístupy otevřely nové možnosti studia genetické podstaty vzniku druhů a to zejména u nemodelových volně žijících druhů. V rámci přednášky si představíme jaké populačně genomické přístupy se v současné době používají ke studiu speciace. Ve větším detailu se pak zaměříme na studium genomických ostrovů zvýšené mezidruhové diferenciace a ukážeme si, co nám tato metoda prozradila o mechanismech speciace u dvou druhů slavíků, slavíka obecného a slavíka tmavého, jejichž studiem se v naší laboratoři dlouhodobě zabýváme. --------------

1 0

pozvanka na prednasku How genomes help us understand human history
by Petr Danecek 18 Apr '16

18 Apr '16

Vážený pane kolego, paní kolegyně, dovolujeme si Vás pozvat na přednášku bioinformatického semináře, která se koná tuto středu 20.4.2016 od 17:20 v posluchárně S5 na Malé straně. Přednášku na téma How genomes help us understand human history přednese Stephan Schiffels, Max Planck Institute Těšíme se na Vaši účast! Se srdečným pozdravem Petr Daněček a Martin Loebl --------------------------------- Abstract: The availability of complete human genome sequences from populations across the world has given rise to new population genetic inference methods that allow unprecedented insight into human population history. Here I will introduce two such methods that allowed us to infer historical human population sizes and the emergence of population substructure across the world. The first method, MSMC, explicitly models ancestral relationships under recombination and mutation of multiple genome sequences. Results from applying MSMC to genome sequences from nine populations across the world suggest that the genetic separation of non- African ancestors from African Yoruban ancestors started long before 50,000 years ago and give information about human population history as recent as 2,000 years ago, including the bottleneck in the peopling of the Americas and separations within Africa, East Asia and Europe. The second method, rarecoal, infers population history and identifies fine-scale genetic ancestry from rare genetic variants. I show an application of this method to ancient DNA retrieved from British skeletons dating to the Iron Age and the Anglo-Saxon period. Using rarecoal we find that the Anglo-Saxon samples are closely related to modern Dutch and Danish populations, while the Iron Age samples share ancestors with multiple Northern European populations including Britain.

1 0

seminář z bioinformatiky - pozvánka
by Petr Danecek 11 Apr '16

11 Apr '16

Vážení kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás tímto srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se koná ve STŘEDU 13.4.2016 od 17:20 v posluchárně S5. Základní úloha bioinformatiky: Sequence Alignment and Mapping Petr Daněček, WTSI / MFF UK S pozdravem, Petr Daněček a Martin Loebl --------------------------------- Stránky semináře bioinformatika.matfyz.cz/seminar

1 0

seminář z bioinformatiky - pozvánka
by Petr Danecek 02 Apr '16

02 Apr '16

Vážení kolegové a kolegyně, chtěli bychom vás tímto srdečně pozvat na další přednášku semináře Člověk a šimpanz aneb Lekce od bratranců (Jak veliké genetické rozdíly jsou důležité) kterou přednese Jan Pačes z Ústavu Molekulární Genetiky AVČR na MFF UK, Malostranské nám. 25. POZOR: přednáška bude mimořádně v ÚTERÝ 5.4.2016, od 17:20 v posluchárně S5. Těšíme se na vaši účast! S pozdravem, Petr Daněček a Martin Loebl Stránky semináře siret.cz/bioinformatika-seminar

1 0