Milí kolegové a kolegyně,
chtěli bychom vás srdečně pozvat na další přednášku semináře, která se
koná ve středu 14.12.2016, od 17:20 v posluchárně S5.
Hostem na semináři bude Jiří Macas z Ústavu Molekulární Biologie
Rostlin AV ČR a téma přednášky bude
Repetitivní DNA: "Temná hmota" genomu a její výzkum pomocí teorie grafů
Těšíme se srdečně na vaši účast!
Za všechny organizátory semináře s pozdravem,
Petr Daněček
Stránky semináře
http://bioinformatika.mff.cuni.cz/seminar/
--------------------------------------
Jiří Macas
Repetitivní DNA: "Temná hmota" genomu a její výzkum pomocí teorie grafů
Repetitivní DNA je souhrnný pojem pro různorodé sekvence, které se v
genomu vyskytují v desitkách až miliónech kopií. Přestože u některých
druhů rostlin a živočichů tvoří až 95% jaderné DNA, je o složení a
evoluci repetitivní DNA u většiny skupin organizmů známo jen velmi
málo. Tato situace se v současnosti mění díky zavedení levných a vysoce
účinných metod sekvenování (next generation sequencing, NGS), jejichž
plné uplatnění je ale limitováno nedostatkem odpovídajicích
bioinformatických nástrojů. Využití teorie grafů v analýze NGS dat však
otevřelo nové cesty jak pro identifikaci různých typů repetitivních
elementů v komplexních genomech rostlin a živočichů, tak pro jejich
podrobnou charakterizaci a srovnávací analýzu složení repetic mezi
různými druhy.